L’ensemble de la démarche doit être réalisé sous l’égide du Comité de Pilotage ou COPIL, qui est l’organe central du processus de concertation. Constitué au moment de la création du site Natura 2000, son rôle est d’examiner et d’amender les propositions que lui soumet l’opérateur et de valider chaque étape d’élaboration du document d’objectifs. Il participe ensuite au suivi de l’application du document d’objectifs, à l’évaluation de sa mise en œuvre et à sa révision. Ainsi, à chaque site correspond un COPIL et un DOCOB.
La mise en œuvre effective du document d’objectifs d’un site Natura 2000 est assurée par un animateur de site. Le rôle de l’animateur consiste à faire vivre le site en favorisant les projets durables de territoire, en utilisant les outils propres à Natura 2000 (contrats et chartes Natura 2000) et en informant et sensibilisant les socio-professionnels sur la manière d’atteindre les objectifs définis dans le document d’objectifs.
Conformément à la concertation ayant présidé à l’élaboration du document d’objectifs, l’animateur accompagne les acteurs locaux pour favoriser un développement harmonieux de leur territoire et valoriser la richesse d’un patrimoine unique. Enfin, il contribue à l’amélioration et à la valorisation des connaissances naturalistes et scientifiques acquises sur le site.